繼發性乳糖不耐受的寶寶能自愈，這種情況通常是腸道炎癥等情況引發的，在炎癥得到緩解之后，腸道組織結構恢復正常，繼發性乳糖不耐受就能自愈，在吃含乳糖的制品之后不會感到不適。
繼發性乳糖不耐受和寶寶患有腸炎、用藥不規范等因素有關，比如諾如病毒感染、使用抗生素過量等，導致腸道黏膜細胞受損，進而無法分泌消化乳糖的酶。但是這種情況通常會自行得到緩解，比如病毒感染存在自限性，而藥物具有半衰期，在此類原因得到緩解后，腸道組織結構即可恢復正常，分泌的酶也能恢復正常，繼而可使繼發性乳糖不耐受能自愈。
家長日常需要嚴格管控寶寶飲食，加強護理，避免因為衛生條件不佳而出現腸道炎癥，或給寶寶濫用藥物等，以免引發這種情況。在寶寶出現繼發性乳糖不耐受期間，需要避免進食含乳糖的食物，比如牛奶、酸奶等，以免加重身體不適。等到疾病恢復后家長可以帶寶寶到兒科就診，通過乳糖耐受試驗明確病情是否緩解。如果已經緩解，則可以讓寶寶吃含乳糖的食物。