陰莖根部有黑點可能是色素沉著、色素痣、黑色素瘤等原因導致的，建議針對病因進行治療。處方藥需要在醫生的指導下使用。
1、色素沉著：局部皮膚在多種因素作用下可能會出現色素沉著，所以會比身體其他部位暗一些。如果是發生在陰莖根部的色素沉著就可能表現為陰莖根部有黑點的情況，同時每個人的體質也會不一樣，所以顏色的深淺也會不一樣，這是正常的生理現象，患者無需過于擔心，一般不需要治療。
2、色素痣：可能是由于黑色素細胞在發育的過程中異常聚集導致的，可表現為陰莖根部有黑點的癥狀。如果痣較小，也無其它特殊不適癥狀，可以先觀察；如果痣較大，有擴大的傾向，建議采取手術切除。
3、黑色素瘤：是一種皮膚的惡性腫瘤，皮損形狀多不規則，早期可無明顯癥狀，隨著腫瘤生長，皮損可慢慢變大，部分患者可能出現皮膚破潰、流膿、滲出等癥狀，后期容易出現轉移。治療上主要以手術切除為主，還可以通過維莫非尼等靶向藥物治療，或使用紫杉醇、順鉑、替莫唑胺等藥物進行化療。