新生兒大腸桿菌感染的途徑有很多，大腸桿菌在環境中廣泛存在，新生兒多為經口感染，可以通過被大腸桿菌污染的奶瓶、奶嘴或毛巾等物品感染致病，新生兒吃手等動作也易將致病菌帶入體內。
另外，新生兒免疫功能尚不完善，如果同時合并先天性發育異常或其他機體器質性疾病等，均可導致免疫功能進一步降低，容易導致新生兒大腸桿菌感染。大腸桿菌可感染新生兒的胃腸道、呼吸道等部位，也可以造成全身性感染，從而引發相關疾病。
家長需特別注意新生兒的奶瓶、奶嘴清潔，喂奶前可用開水燙洗消毒。奶粉應注意儲藏方式，需密閉放在陰涼處，避免被致病菌污染。每次接觸新生兒之前，以及沖調奶粉和喂奶之前均要清潔雙手。母乳喂養時，母親的貼身衣物應保證干凈衛生，新生兒所用的貼身衣服及包被都要及時清洗。新生兒排便后要注意從前往后擦拭，尤其是女孩，避免大便中的大腸桿菌污染外陰，均有助于預防大腸桿菌感染。