森林腦炎早期確診通常需要做體格檢查、血常規檢查、腦脊液檢查、聚合酶鏈式反應檢查、腦電圖檢查等檢查。
1、體格檢查：在對森林腦炎進行初步判斷時，通常需要進行體格檢查。若患有該疾病，患者一般有發熱、乏力、心率增快、意識障礙等表現，部分患者還可能有震顫的表現，此類情況通常可在體格檢查中發現。
2、血常規檢查：森林腦炎是由蜱傳腦炎病毒引起的疾病，當此類病毒侵入患者體內后，通常會對多項血常規檢查的指標產生影響。因此，在進行早期診斷時，通常需要進行上述檢查。若發現白細胞計數升高，考慮與森林腦炎相關。
3、腦脊液檢查：如果患有森林腦炎，腦脊液壓力通常會升高，其含有的細胞一般也會增多，但腦脊液的性狀通常不會發生明顯的改變，一般還是透明液體。因此，若通過此項檢查發現存在上述現象，一般可以對森林腦炎進行早期診斷。
4、聚合酶鏈式反應檢查：此項檢查是在體外快速擴增特定基因或DNA序列的方法。如果需要確診森林腦炎，通常需要開展聚合酶鏈式反應檢查，以明確血清、集落刺激因子中的相關病毒，通常會發現其敏感性和特異性升高，以便于對該疾病進行早期判斷。
5、腦電圖檢查：如果懷疑患有森林腦炎，患者通常可以進行腦電圖檢查。若發現存在彌漫性慢波或散在慢波，則考慮是森林腦炎。
如果已經出現疑似森林腦炎的癥狀，患者應遵醫囑完善各項檢查，以便于早確診、早治療。