大顆凸起肉痣一般可以通過磨削術、激光手術，或者手術切除等方式治療。需要根據個人情況選擇合適的治療措施，才能夠有效得到改善。而冷凍除痣和化學藥物腐蝕除痣，因其可能會有清除不凈和刺激痣細胞惡性變等情況，故不宜選用。
1、磨削術：運用相關儀器設備，通過機械摩擦或光熱作用等，可控地去除皮膚的表皮和真皮淺層，使皮膚愈合后更加平整或色澤更加均勻，從而達到消除大顆凸起肉痣，或者細小皺紋的目的，應該注意的是該治療去除痣要徹底，避免殘留痣細胞發生惡變；
2、激光手術：如二氧化碳激光治療等，利用光熱作用于凸起肉痣的表面，能夠使局部組織壞死，從而達到治療效果。如果選用激光治療除痣，應該注意的是局部治療要徹底，避免殘留痣細胞而導致痣的惡變；
3、手術切除：對于大顆凸起肉痣有不斷增大或者有出血的情況，需要到醫院皮膚科進行全面檢查，然后可以通過手術切除的方式進行治療。主要是將大顆凸起肉痣去除后，再進行手術縫合，還可以進行皮片移植術改善外觀。在做手術時需要嚴格操作，對于皮膚的損傷可能會比較小。
在做完手術后需要注意局部衛生，避免出現感染，否則可能會留下瘢痕。對于大顆凸起肉痣建議手術切除，避免其他方式不能徹底清除干凈，而導致殘留痣細胞的惡變。而且還要保持飲食清淡，多吃一些新鮮的水果、蔬菜，有助于傷口愈合。