凌晨兩三點咳嗽，可能是哮喘引起，也可能與胃食管反流病、氣管炎有關。如果凌晨兩三點咳嗽的癥狀嚴重，影響了日常的工作和生活，應盡快到醫院就診，采取相應的措施進行治療。
1、哮喘：咳嗽變異性哮喘是一種特殊類型的哮喘，可能與遺傳因素有關，也可能會在接觸過敏原、吸入刺激性氣味后誘發，患者會出現長期干咳的癥狀，在夜間和凌晨神經興奮性增加后癥狀會加重，繼而出現凌晨兩三點咳嗽的情況。此時可遵醫囑服用孟魯司特鈉片或醋酸潑尼松片等藥物，生活中應注意避免吸入刺激性氣體，遠離花粉、柳絮等；
2、胃食管反流病：晚上暴飲暴食，進食過多油膩、刺激性食物等，可能導致機體難以消化，胃液分泌減少，食物不能及時消化，在胃中受到擠壓，可能會出現胃酸反流刺激咽喉，從而出現凌晨兩三點咳嗽的現象，還會伴有惡心、嘔吐、反酸等癥狀。此時可以遵醫囑服用修復胃黏膜的藥物，如枸櫞酸鉍鉀顆粒、胃膜素膠囊等藥物緩解癥狀，平時應清淡飲食，少吃過熱、過冷或者辛辣的食物；
3、氣管炎：吸煙、空氣污染、病菌感染會誘發氣管炎，患者會出現咳嗽、咳痰、喘息等癥狀，伴有畏寒、發熱、頭痛等。晚上睡覺時平躺，氣道痙攣會加重咳嗽現象，如果處于凌晨兩三點，會表現為凌晨兩三點咳嗽。這時可以去醫院做X線檢查、肺功能檢查，遵醫囑服用氨芐西林膠囊、左氧氟沙星片等藥物緩解癥狀。