百香果和檸檬均為低熱量食物，日常適量喝百香果檸檬水并不會長胖。并且由于百香果以及檸檬中含有豐富的營養素及纖維素，適當喝還有利于人體補充營養，幫助排便。但是如果百香果檸檬水中加了過量的糖、蜂蜜等，且喝完沒有進行適量的運動來消耗所產生的能量，則可能會長胖。
由于百香果及檸檬的能量均較小，沖泡后產生的能量也較小，因此適量喝百香果檸檬水并不會產生過多的能量，所以不會出現長胖的情況。但部分人可能無法忍受百香果檸檬水的酸味，而加入較多的糖、蜂蜜等進行調味。由于糖、蜂蜜中含有較多的碳水化合物，長期大量喝就會產生較多能量，特別是一日三餐均正常食用時。如果未能及時消耗這些能量，則多余的能量會積聚在體內，長此以往就可能影響體重控制，使體重逐漸增長。但若及時進行適量的運動，消耗與攝入的能量相當，甚至大于攝入能量，則不會長胖。
此外，存在牙齒、胃腸道等方面問題的人群應當盡量少喝百香果檸檬水，因為其中含有的果酸會刺激牙齒、損害牙釉質，進而導致牙齒疼痛。而存在胃腸道問題的人，特別是既往患有胃炎、胃潰瘍等疾病的人群喝了百香果檸檬水可能會刺激胃腸道，從而出現反酸、胃痛等不適癥狀，且經過冰箱冷藏后的百香果檸檬水更易造成上述不適。
因此日常喝百香果檸檬水應當適量，不能喝過多。平常沖泡時使用溫水即可，盡量避免用滾燙的開水沖泡，以免破壞百香果、檸檬中的營養成分。