氣管鏡檢查一般能診斷肺結核，但無法明確其具體的準確率。肺結核是結核分枝桿菌感染所引起的感染性疾病，如果在患者肺部發現結核分枝桿菌及其代謝產物，一般可以診斷為肺結核。
對于存在持續發熱、咳嗽、咳痰、消瘦、乏力等癥狀，且通過胸部影像學檢查發現與活動性肺結核相符合的病變，懷疑為肺結核的患者，如果在普通痰培養或痰涂片檢查中，未發現結核分枝桿菌，此時可以通過氣管鏡檢查進行輔助判斷。
在氣管鏡下除可以看到患者氣管和支氣管內的影像，也可以采集氣管深部的痰液，或通過支氣管肺泡灌洗術采集支氣管和肺泡內部的灌洗液，對深部痰液和灌洗液進行檢查。如果發現結核分枝桿菌及其代謝產物，一般可以診斷為肺結核，但其準確率并不確定。此外，對于某些病例可以在氣管鏡下采集標本進行活檢，通過病理診斷以判斷患者是否發生肺結核。
如果在醫院結核病科就診，經氣管鏡檢查被診斷為肺結核，則需在醫生指導下使用異煙肼片、利福平膠囊等藥物進行抗結核治療。在氣管鏡檢查后需避免吃辛辣、刺激性食物，保持飲食清淡，以免刺激氣管而誘發較明顯的咳嗽，導致氣管黏膜受損。
