頭疼做磁共振可以查出腦血管疾病、顱內腫瘤、顱腦外傷等疾病，例如腦出血、腦梗死、膠質瘤，具體如下：
1、腦出血：是指腦內的動脈破裂引起的腦內出血，常見的原因是高血壓和腦血管病變。其癥狀主要是頭暈、頭疼、惡心想吐、無力等。通過核磁共振可以明確出血是以前的病灶還是最近發生的腦出血。
2、腦梗塞：又稱缺血性腦卒中，是以種腦部血液循環障礙，由缺血、缺氧導致的局限性腦組織缺血性壞死或軟化。其主要是頭暈、嘔吐、耳鳴、聽力障礙，可能還會出現有同側的面癱、聽力減退、三叉神經分布區域的感覺障礙等癥狀。核磁共振在診斷腦梗塞方面是首選，因為核磁共振可以在急性期腦梗塞病人出現病變的區域，被彌散序列敏感的捕捉到，從而反映到圖像上，就可以看到非常高亮的信號，提示這個地方出現了急性期的梗塞。
3、膠質瘤：是來源于神經系統膠質細胞和神經元細胞的腫瘤的統稱，是顱內常見的惡性腫瘤。典型癥狀包括頭痛、惡心、嘔吐、癲癇、視物模糊等。由于核磁共振對軟組織的識別率要優于CT，懷疑有膠質瘤的患者建議進行核磁共振的檢查。并且核磁共振能鑒別膠質瘤及健康區域，明確腫瘤的浸潤程度，輔助立體定向活檢，有利于手術切除及預后的判斷。