早上起來以后右邊的嘴、牙和嗓子都特別疼可能是扁桃體炎、牙齦炎、智齒冠周炎等疾病有關，需要明確病因后進行針對性的治療，具體分析如下：
1.扁桃體炎：扁桃體炎為腭扁桃體的非特異性炎癥，可能表現出咽部疼痛、扁桃體紅腫、吞咽困難等癥狀，可能會牽連嘴、牙部位，所以早上起來以后右邊的嘴、牙和嗓子都特別疼可能是扁桃體炎造成的。患者可以在醫生的指導下使用注射用青霉素鈉、復方氯己定含漱液、頭孢克洛膠囊等藥物進行治療，同時也可以通過扁桃體剝離術、扁桃體切除術等手術進行治療。
2.牙齦炎：牙齦炎是牙菌斑引起的非特異性炎癥，可能表現出牙齦紅腫、疼痛等癥狀，病情嚴重時甚至會導致嗓子疼痛。所以早上起來以后右邊的嘴、牙和嗓子都特別疼可能是牙齦炎造成的。患者可以在醫生的指導下使用甲硝唑膠囊、過氧化氫溶液、復方氯己定含漱液等藥物進行治療，同時應清淡飲食，避免食用辛辣、生冷、堅硬等食物刺激牙齦。
3.智齒冠周炎：智齒冠周炎是指第三磨牙牙冠周圍的軟組織炎癥，可能表現出牙齦腫痛、面部腫脹、疼痛等癥狀，所以早上起來以后右邊的嘴、牙和嗓子都特別疼可能是智齒冠周炎造成的。患者可以在醫生的指導下使用替硝唑膠囊、甲硝唑片、過氧化氫溶液等藥物進行治療，嚴重影響身體健康時，應在醫生的指導下進行拔牙。