指甲凹凸不平，有小坑可能是生理性因素、病理性因素導致的，建議患者去醫院檢查，在醫生的指導下對癥治療。具體分析如下：
一、生理性因素
如果指甲受過外傷或者指甲發育不良，可能會導致指甲凹凸不平，有小坑。這種情況一般不嚴重，通常不需要進行特殊的治療。
二、病理性因素
1.銀屑病甲：銀屑病甲是因銀屑病侵及甲床或者甲母質而引起的甲面病變，患者可能會出現指甲凹陷、剝離、增厚等癥狀，所以指甲凹凸不平，有小坑可能是銀屑病甲導致的。患者可以按醫囑使用曲安奈德益康唑乳膏、氟尿嘧啶軟膏、尿素軟膏等藥物進行治療。同時，患者應避免指甲接觸刺激性物質，以免加重病情。
2.甲癬：甲癬是皮膚科常見的疾病，患者可能會出現指甲凹凸不平、增厚、脫離等癥狀，所以指甲凹凸不平，有小坑可能是甲癬導致的。患者可以按醫囑使用鹽酸阿莫羅芬乳膏、環吡酮胺軟膏、鹽酸特比萘芬乳膏等藥物進行治療。此外，患者可以通過激光治療、光動力療法等方法進行治療。