紅茶菌并沒有在什么時候喝效果最好這種說法，建議選擇飯后半小時，一般也可以選擇上午和下午兩餐之間，在喝紅茶菌的時候，需要根據個人情況來選擇合適的時間。
在飯后半小時飲用紅茶菌，一般情況下效果相對較好，在吃完飯以后喝紅茶菌可以促進腸道蠕動，能增強消化功能，因為紅茶菌當中有一些有機酸成分，能夠刺激胃酸分泌，有利于食物的消化和吸收，如果患者正常存在消化不良或者是食欲不振，在這個時候喝可以起到緩解的效果，能促進腸道健康。
在上午和下午兩餐之前喝也是很好的一個選擇，在這段時間當中身體的代謝比較穩定，紅茶菌可以補充身體所需水分和營養物質，比如有機酸、維生素等營養成分，這些營養成分不會和食物當中的營養成分相互干擾，也可以讓身體比較容易吸收紅茶菌的有益成分。