每天5、6點胃疼疼醒可能是長時間未進食、萎縮性胃炎、胃食管反流等因素引起的，建議及時的進行針對性治療。
1、長時間未進食：部分人群若晚上長時間未進食，5、6點的時候迷走神經興奮，可導致胃內胃酸分泌過多，引起反酸、燒心、胃疼的癥狀。建議晚餐按時定量的吃，避免長時間不進食。
2、萎縮性胃炎：該疾病的患者胃黏膜上皮和腺體萎縮，數目減少，同時胃黏膜變薄，清晨的時候，血液循環可能會加快，胃酸刺激下，可出現胃部脹疼、隱疼，導致患者被疼醒。建議患者遵醫囑服用保護胃黏膜的藥物進行治療，如鋁碳酸鎂咀嚼片、氫氧化鋁凝膠等。
3、胃食管反流：胃部的食物經過夜間的消化，逐漸進入腸道，此時胃部較空，可能會分泌大量的胃酸，刺激該疾病患者的胃黏膜，可引起胃部有疼痛的感覺，病情較重還可能影響睡眠?？勺襻t囑使用奧美拉唑腸溶膠囊、泮托拉唑鈉腸溶膠囊等藥物，抑制胃酸分泌，改善不適。
此外，該情況也可能是急性胃炎、糜爛性胃炎、胃潰瘍、胃穿孔等因素引起的，建議及時就診治療。