關元指關元穴，屬于任脈，位于下腹部、臍中下3寸部位，長期按摩關元穴的副作用有影響血液循環、加重腹瀉、引起皮下出血、提高流產幾率、損傷內臟器官等。
1、影響血液循環：如自身患有氣血虧虛的情況，導致體內氣血嚴重耗損，可能會引起氣短、乏力等表現。如在發病期間長期按摩關元穴，容易造成血液循環不暢，加重氣短不適感。
2、加重腹瀉：對于腹瀉患者，應當加強護理工作，避免按摩關元穴，否則會對胃腸造成不良刺激，加重腹瀉、腹痛等表現。
3、引起皮下出血：在按摩關元穴時力度過大，可能出現皮下出血現象，造成皮膚疼痛、淤青等表現。
4、提高流產幾率：由于關元穴位于下腹部，對于妊娠期間的孕婦不建議按摩，盲目進行按摩可能會提高流產幾率，對孕婦及胎兒的健康造成危害。
5、損傷內臟器官：按摩關元穴應當在專業醫生指導下進行，盲目進行容易損傷內臟器官，影響肝臟、脾臟等多個臟器的健康。
如在按摩期間感覺到任何不適需立即停止，嚴重者及時就醫處理，同時加強自身護理工作。