黃豆的含糖量并不高，含有較多的膳食纖維。對于存在糖尿病、減肥、便秘的人群，黃豆屬于較好的選擇，但應注意避免過量，過多食用黃豆也可能會造成糖的攝入量增加。
黃豆中含有較多蛋白質，過多攝入會導致蛋白質在胃腸道中滯留較長時間，在消化過程中會產生非蛋白氮，從而加重消化系統的負擔。對于胃腸道功能較弱的人群，攝入過多黃豆易誘發消化不良，而且消化時會產生大量氣體，從而導致腹脹的出現。黃豆中還含有嘌呤成分，患有痛風疾病的人群應盡量避免食用，以免誘發痛風發作或加重。
此外，黃豆存在豆腥味，可在烹飪黃豆時滴些許黃酒，豆腥味可明顯減少，或在烹飪前用涼鹽水清洗，亦可達到同樣的效果。可將黃豆曬干后進行保存，但保存干燥黃豆前建議應用塑料袋包裝，放入密封容器后置于陰涼、干燥、通風處，并注意防鼠、防霉變等。