沙棘原漿一般有誘發過敏、升高血糖、腹痛等副作用。
1.誘發過敏：
沙棘原漿中含有豐富的維生素，以及多種礦物質微量元素和果酸等成分，本身含有許多容易致敏的成分，因此對于過敏體質的人群食用后容易誘發過敏癥狀，如口唇皮膚瘙癢、皮疹等癥狀，易過敏體質的人群在服用時應慎重，以免誘發過敏反應。
2.升高血糖：
沙棘原漿含糖量較高，食用后可能導致血糖升高，長期食用后可以導致血糖不穩定，對于高血糖甚至糖尿病的病人，在食用過程中應慎重，以免加重病情。
3.腹痛：
沙棘原漿還會導致腹痛，因沙棘原漿含有生物堿、香豆素、及酸性物質，對脾胃虛弱的人會造成腸胃刺激，引起腹痛、腹瀉等癥狀。在進食過程中要避免與辛辣刺激的食物同時進食，以免加重胃腸道負擔。
除以上副作用外，食用過多沙棘原漿還會導致消化不良、胃酸分泌過多、牙齒敏感等副作用。需要注意，沙棘原漿是一種食品，沒有藥物的功效，不能用作藥物或者保健品食用，如果食用后出現不適癥狀，建議前往正規醫院就診，以免延誤病情。