做電子纖維鼻咽鏡檢查，有一定痛苦。在做電子纖維鼻咽鏡檢查之前，需要先進行麻醉，比較常用的是表面麻醉，在麻醉的時候會出現鼻腔異物感，麻藥還可能會倒流至咽喉部，導致咽喉麻木、吞咽梗阻感等不適。
麻醉滿意以后，可以開始做電子纖維鼻咽鏡，鏡子需要從前鼻孔進入鼻腔里，然后到達鼻咽部。在檢查時會導致患者出現鼻腔刺痛、鼻腔堵塞感，還可能會導致鼻部酸脹感。有部分患者比較敏感，會出現眼部酸痛、流眼淚。如果鼻腔比較狹窄，鼻咽鏡會刺激鼻腔黏膜和鼻甲黏膜，導致鼻腔出血。具體痛苦程度存在個體差異，與患者個人敏感度有關系，但是一般不會特別嚴重，可以順利完成檢查。
在做檢查的過程中，患者需要配合醫生操作，避免隨意晃動頭部，而且需要放松心情，避免血壓升高。做完電子纖維鼻咽鏡檢查以后，暫時不能吃東西、喝水，需要等待麻醉藥物完全代謝以后，才能恢復正常飲食，避免出現嗆咳和呼吸困難。一般做完檢查以后一個小時左右，就可以恢復正常狀態。