電子鼻咽內鏡檢查一般沒有痛苦。
電子鼻咽內鏡檢查是在鼻腔表面麻醉狀況下，將內鏡自鼻腔的總鼻道送入，越過后鼻孔進入鼻咽腔，觀察到頂后壁的淋巴組織，以及鼻中隔后緣和后鼻孔緣，可以對患病部位進行準確的定位和診斷，同時可以區別不同的疾病。
通常患者在檢查前會使用局部麻醉藥，使鼻腔黏膜收縮，打開鼻腔通道，降低鼻腔敏感度，器械進入的時候減少摩擦，并且檢查的器具較小，檢查的時間比較短，對咽部損傷較小，一般是沒有痛苦的。
患者在完成電子鼻咽內鏡檢查后，在明確病因后，需要遵醫囑對癥進行治療。日常需要做好保暖工作，避免著涼，還需要保持飲食的清淡，避免進食辛辣刺激的食物，包括辣椒、芥末等，禁止飲酒和抽煙。
患者在進行電子鼻咽內鏡檢查前，需要做好心理準備，醫生需要告知患者盡量別緊張，克服恐懼的不良心態，盡量不要搖晃頭部，以免損傷鼻腔黏膜。檢查后的2-3小時盡量不要飲水、吃飯，由于麻藥作用，容易出現嗆咳，甚至窒息的情況。