糞腸球菌為正常菌群，一般不需要用抗生素，但是發生糞腸球菌感染時，需要遵醫囑選擇青霉素類、氨基糖苷類抗生素治療。
糞腸球菌屬于腸道的一類細菌，為正常菌群，通常可以保護正常的腸道微生態，但是也可能出現感染，尿路感染是糞腸球菌感染中最為常見的疾病，多發生在醫源性感染，如留置導尿管或其他器械應用，多表現為下、上尿路感染，還可能出現前列腺炎、化膿性腹部感染、敗血癥、心內膜炎等疾病。一般可以遵醫囑選擇用青霉素類、氨基糖苷類抗生素治療，青霉素類目前比較常用的有注射用普魯卡因青霉素、青霉素V鉀片、阿莫西林膠囊、氨芐西林膠囊、注射用哌拉西林鈉他唑巴坦鈉等。氨基糖苷類有硫酸慶大霉素片、注射用硫酸阿米卡星、硫酸卡那霉素注射液等。
治療期間要多喝水，避免吃辛辣的食物。