通常，長期保持高蛋白低碳水對人體有較大的危害，可能會造成低血糖概率增加、造成腎臟疾病等。
從長期來看，高蛋白的飲食會加重腎臟的負擔，尤其是對慢性腎病患者而言更可能損傷腎功能。富含蛋白質的紅肉(瘦豬肉、牛肉、羊肉等)的長期攝入還會增加結腸癌、直腸癌的風險。長期缺乏血糖供能可能會使大腦記憶力減退。大腦占我們體重的2%，每天需要的熱量卻占總熱量的20%，它很挑剔，需要血糖持續供應。只有在碳水化合物極其匱乏的情況下，大腦才會使用脂肪或蛋白質作為燃料。
高蛋白低碳水減肥法長時間會讓身體出現疲乏、血糖低，而且全身無力氣的癥狀。嚴重的可能會產生腦功能障礙、心悸等問題。高蛋白低碳水減肥法，主張的就是不要吃面食、米飯等含淀粉量比較高的食物。同時增加攝取高蛋白的食物，可以達到快速減肥的效果。但選擇減肥一定要根據體質決定。