腭肌陣攣通常與先天發育異常、外傷、呼吸道感染、梅毒、腦炎等因素有關，根據不同病因可選擇一般治療、藥物治療、手術治療。
1、先天發育異常：是指在胚胎時期已經形成，有一定遺傳傾向。在未影響生活時，可不做特殊處理，影響正常生活者，可選擇做微血管減壓術。
2、外傷：腭肌處或周圍軟組織受傷未及時處理，可能會引起局部病變，造成腭肌陣攣。可先遵醫囑使用注射用氫化可的松琥珀酸鈉、地塞米松磷酸鈉注射液等；效果不佳者可聯合抗癲癇藥治療，例如苯巴比妥片、苯妥英鈉片等。
3、呼吸道感染：部分患者感染呼吸道疾病會造成呼吸受阻、鼻咽管不通等，病情進一步調整會使腭肌產生痙攣。一般及時消除炎癥癥狀會自行減輕，可遵醫囑使用頭孢克肟分散片、阿莫西林膠囊等藥物。
4、梅毒：梅毒螺旋體菌侵犯了中樞神經系統，可能導致腭肌陣攣，患者的顎部肌肉的無意識收縮和抽動，造成口咬不住或說話困難。感染梅毒的患者需遵醫囑使用注射用芐星青霉素、注射用普魯卡因青霉素治療。
5、腦炎：腦炎可以由多種病原體引發，包括病毒、細菌、真菌或自身免疫反應。腦炎引起的炎癥可以損害腦組織，導致各種神經系統癥狀，其中一種可能的表現是腭肌陣攣。患者需遵醫囑針對引發腦炎的病原體進行針對性治療。
針對不同病因引起的腭肌陣攣，患者還可遵醫囑接受肉毒素腭肌注射來緩解癥狀，或在醫生建議下接受微血管減壓術、腭帆張肌肌腱切斷術及腭帆提肌部分松解術等手術方式治療。建議患者及時就醫檢查，明確病因后進行針對性治療，以免延誤病情。