新生兒灌腸可能有胃腸道功能紊亂、腸黏膜損傷、肝腎損傷等危害。具體分析如下：
1.胃腸道功能紊亂：新生兒灌腸可能會導致直腸的酸堿度和直腸壁分泌吸收能力發生改變，有可能會導致腸道內菌群失調，會出現胃腸道功能紊亂的情況。
2.腸黏膜損傷：如果給新生兒灌腸的操作手法不對，可能會造成新生兒腸黏膜損傷。新生兒腸道比較脆弱，如果有大量液體注入新生兒腸道，容易造成腸道擴張、穿孔、出血。如果腸黏膜損傷嚴重，可能會使新生兒出現休克的情況。
3.肝腎損傷：新生兒灌腸通常沒有比較正規的操作流程及用藥量的標準，很容易用量超標，新生兒肛門和直腸內的血管較豐富，藥物吸收快，容易直接進入體內，如果藥物被過量地吸收，可能會損傷新生兒的肝腎，使新生兒出現惡心、嘔吐、乏力等癥狀。
另外，新生兒灌腸還有使肛門括約肌變松的危害。
