患者在做無痛腸鏡前可以灌腸，灌腸可以清潔腸道，排出腸道中的糞便及廢物，在做無痛腸鏡時可以保證有更清晰的視野，有助于醫生更仔細地觀察患者腸道內的具體情況。
患者在做無痛腸鏡檢查時，醫生需要將一條可彎曲、末端裝有攝像裝置的軟管，由肛門慢慢進入腸道進行檢查。患者在做無痛腸鏡檢查前3天，應少渣飲食，檢查前1天應流質飲食，檢查前8小時禁食，保持空腹，檢查前2小時應禁水。同時檢查前可以進行灌腸，臨床經常使用的灌腸藥物有甘露醇注射液、聚乙二醇電解質散等，經過灌腸后患者可以排出腸道內的糞便及廢物，直到排出清水樣糞便，提示腸道準備完畢。患者在灌腸時可能排出大量水分，灌腸后患者需要大量飲水，補充體內腸道丟失的水分，保證腸道黏膜彈性正常，有助于進行無痛腸鏡檢查。
患者在做無痛腸鏡時需要使用麻藥，檢查結束后患者可能需要30-60分鐘才能蘇醒，患者在蘇醒后應注意身體是否有出血、疼痛等不適癥狀，檢查后應注意清淡飲食，以易消化食物為主，檢查結束3天后再恢復正常飲食。