通常情況下，羊肚菌的菌腳部分不可以食用。羊肚菌是羊肚菌科、羊肚菌屬真菌，菌蓋近球形、卵形至橢圓形，頂端鈍圓，表面有似羊肚狀的凹坑，其中含有豐富的營養物質。
羊肚菌屬于菌類食物，當中的營養成分通常比較豐富，含有多種氨基酸，還包括蛋白質、脂肪、維生素、多糖、葉酸、胡蘿卜素、膳食纖維等，還有很多的礦物質，如鉀、鈣、鋅等。羊肚菌除了帶有泥腳的菌腳部分不能吃之外，菌蓋和菌柄都可以吃。
人工種植的羊肚菌比較好清洗，因為其菌頭和菌柄幾乎是干凈的，有泥腳的菌腳部分在采摘的時候也已經去掉了。野生羊肚菌就稍微難洗一點，因為生長在戶外，褶皺中可能會殘留雜草或者雜質、泥沙等。
平時生活中適量食用羊肚菌有助于補充身體所需要的營養。由于其中膳食纖維比較豐富，適量食用可促進消化，注意避免吃得太多，以免攝入過多而加重胃腸道負擔，出現腹脹、腹痛等不適。
如果對羊肚菌或菌類食物過敏，則不建議食用，以防誘發過敏反應，出現皮膚瘙癢、起紅疹等表現。如果羊肚菌發生霉變、變質，也不建議食用，以防出現急性胃腸炎。