花椒籽沒有毒，但是過量食用可能會刺激胃腸道引起不適癥狀，建議控制食用量，同時做到均衡膳食，有益于身體健康。對于日常出現不適癥狀時，建議積極就醫處理。
每個花椒果皮中都包裹有花椒籽，多呈球形，其表層烏黑、粗糙、質松且有光澤，手感油膩，含有豐富的油脂、蛋白質、粗纖維和一些揮發性物質，并不含有毒物質，無需過度擔心。
花椒籽以籽粒飽圓，色澤黑紅，無枝梗雜質者為佳，日常生活中多用于調味、榨油等，能夠去腥提味、增進食欲。同時，花椒籽還具有溫中止痛、散寒燥濕的功效，日常可以適量食用。但如果過量食用花椒籽，則可能會增加胃腸道負擔，進而引起腹脹、腹痛、腹瀉的不適癥狀，另外還可能導致上火，出現咽喉紅腫、口干舌燥、牙齦腫痛等表現，不利于自身健康。
日常建議養成良好的飲食習慣，清淡飲食，并且搭配各類蔬菜、水果進行食用，以保證各類營養物質的攝入。不可食用過多辛辣、油膩、生冷的食物，忌煙、酒。