隨著醫療技術的不斷進步，捐獻骨髓從以前的抽取骨髓血，轉變為捐獻造血干細胞，而造血干細胞捐獻直接從富含造血干細胞的外周血中采集即可。整個造血干細胞捐獻的過程與捐獻成分血類似，將血液抽取到白細胞分離機中，進行細胞分離，分離造血干細胞后將其他成分輸回捐獻者體內。每次大約抽取50-200ml的血液，采集過程在正規、合格的醫療環境中進行，對捐獻者的身體不會產生明顯的不良影響。
在抽血前需要注射“動員針”，注射后在短期內會出現低熱、乏力、肌肉酸痛的癥狀，通常不必進行特殊處理，停藥后適當休息可自行好轉。在捐獻完成后，部分捐獻者還會自覺輕微的頭暈，在適當休息后可以得到恢復。此外，采集處可能存在輕微疼痛，結束采集后按壓不當也可能會出現采集處瘀青的情況，但不伴有不適感。24小時后可以進行適當熱敷，可以幫助瘀血清散，通常在3-5天逐漸消失。
在捐獻造血干細胞后，自身的骨髓也會加速造血，在捐獻后的1-2周，捐獻者血液中的細胞值也會逐漸恢復正常。因此，在自身的造血干細胞被成功匹配后，可以考慮進行捐獻造血干細胞，可能會因此挽救一個人的生命。