嬰兒頭頂上有個軟坑，可能是囟門未閉合、缺鈣、外傷等原因引起的，需要根據實際情況對癥處理。具體分析如下：
1、囟門未閉合：嬰兒出生時頭頂有兩塊沒有骨質的組織，被稱為囟門，此時囟門未閉合，可能會出現軟坑，一般可在出生后的三個月至一歲半左右逐漸閉合，無需進行特殊處理。
2、缺鈣：嬰兒缺鈣容易造成神經肌肉接頭的興奮閾值降低，引起手腳抽搐、肌肉痙攣，還可能會出現骨骼疼痛、頭骨發育不良的癥狀，從而造成頭部凹陷。建議家長加強母乳喂養，有針對性的補充營養。
3、外傷：嬰兒的顱骨相對較軟，如果家長在護理的過程中不細心，嬰兒的頭頂被外力輕微撞擊，可能會造成局部損傷，導致頭部有凹陷部位，一般還會伴有哭鬧不止、嘔吐等癥狀。可以遵醫囑使用云南白藥氣霧劑、聚維酮碘溶液等藥物治療，可以消毒、消炎，緩解癥狀。
除上述常見原因之外，還有其他相對常見的原因，比如脂溢性皮炎、低鈣血癥、急性脫水等，要及時就醫檢查。