吃流心蛋好不好需要根據情況而定。如果是經過無菌處理的雞蛋，那么通常是較好的；然而，如果雞蛋未經徹底的消毒處理，可能就不太好了。
對于一些腸胃功能較弱的人來說，經過無菌處理的流心蛋相對比較容易消化。因為其沒有經過高溫長時間的烹飪，蛋白質等營養成分沒有形成緊密的結構，在腸胃中更容易被消化酶分解，從而減輕腸胃的負擔，更有利于營養的吸收。
但如果雞蛋沒有經過徹底的消毒處理，內部可能含有各種有害細菌，如沙門菌。吃含有沙門菌的流心蛋后，可能會引起食物中毒，出現惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等癥狀，嚴重的還可能導致發熱、脫水等情況，對身體健康造成嚴重危害。
即使是無菌蛋，烹飪流心蛋時也需要精確控制時間和溫度。一般來說，將雞蛋在60-70℃的熱水中浸泡3-5分鐘可以得到較好的流心效果。