先天性心臟病患者，在咨詢專業的醫生后，可以考慮選擇藥物治療。
藥物療法的目的是為了提高心臟的機能，因為隨著年紀的增加，病情的惡化，心臟的機能會下降，這時候可以選擇一些有強心性的藥物，比如地高辛，或者是服用一些提高心臟機能的藥，比如呋塞米利尿；一些病人出現了加速的心臟跳動，這時可以使用一些降低心率的藥，比如倍他；另外一些病人由于其心臟的構造異常，更容易出現血栓，需要服用一些抗凝的藥物，比如阿司匹林、華法林等。