新生兒先天性心臟病的發病原因主要與環境因素、遺傳因素等因素相關。
1、母親在懷孕三個月期間受到了病毒的影響，特別是患上了風疹，母親營養不良、糖尿病、高鈣血癥、輻射、服用過細胞毒的藥品，母親年紀太大，都會造成胎兒的先天疾病；
2、遺傳因素：由于父母的生育細胞發生了染色體異常，所以患上了先天性心臟病。
3、其他因素：在高原上，由于孕婦在懷孕期間缺乏氧氣，所以新生兒的先天性心臟病比較常見。