一般情況下，早上起來上腹部疼痛可能是十二指腸潰瘍、慢性胃炎、膽囊炎等疾病導致的，不同的病因建議采取不同的治療方式。具體分析如下：
1.十二指腸潰瘍：十二指腸潰瘍通常指十二指腸在高胃酸、胃蛋白酶的侵襲下，防御失衡，消化自身黏膜而形成的局部炎性缺損，典型癥狀為空腹時上腹痛，發作呈現出一定的周期性、節律性，所以早上起來上腹部疼痛可能是十二指腸潰瘍導致的。患者一般可以在醫生的指導下使用奧美拉唑、蘭索拉唑、泮托拉唑鈉等藥物來治療。另外建議十二指腸潰瘍患者避免食用辛辣的食物，例如洋蔥、辣椒、芥末等，以免加重病情。
2.慢性胃炎：慢性胃炎通常指由多種病因引起的慢性胃黏膜炎癥病變，患病率一般會隨年齡增長而增加，常表現為上腹部不適或疼痛、餐后飽脹、食欲缺乏、泛酸、惡心等，所以早上起來上腹部疼痛可能是慢性胃炎導致的。患者一般可以在醫生的指導下使用克拉霉素、阿莫西林、甲硝唑等藥物治療，平時還要注意休息，避免暴飲暴食，避免食用過硬、過酸、過熱的食物，進食宜細嚼慢咽，定時定量，有時還需要遵循醫囑短期禁食。
3.膽囊炎：膽囊炎是由膽囊管阻塞和細菌侵襲引起的膽囊炎癥，常表現為右上腹疼痛、惡心、嘔吐等，所以早上起來上腹部疼痛可能與膽囊炎有關。患者一般可以在醫生的指導下使用鹽酸克林霉素、消旋山莨菪堿、間苯三酚等藥物來治療，嚴重時還可以通過膽囊切除術、膽囊造口術等手術進行治療。