正確使用精油時，一般不會對身體產生危害，但精油存在穩定性差、刺激性大、揮發性強等問題，若不規范應用或長期大量使用時，可能會導致皮膚過敏、皮膚變黑、內分泌失調等危害。因此在使用精油前，應到專業醫院進行咨詢，由專業醫生根據情況給予合適的精油，此外還需控制精油用量。
1、皮膚過敏：精油香料所含成分如薄荷等，可能在與皮膚直接接觸時導致皮膚過敏，也可能通過吸入引起人體過敏，出現紅斑、水腫等，但多數香料可通過控制用量，防止過敏反應的發生；
2、皮膚變黑：如柑橘類精油和當歸油具有光毒性，即在陽光紫外線照射下，藥物可以滲入皮膚引起藥物化學反應，除了可引起皮膚瘙癢等癥狀外，其中部分成分可能會引起光敏感，使用后曬太陽，會出現皮膚變黑，甚至可能引起皮膚癌；
3、內分泌失調：植物精油又稱為"植物激素"，其中較多精油小分子類似人體激素。若長期大量使用，可能會升高人體雌激素水平，造成內分泌失調，甚至可能增加乳腺癌的風險。
此外，還有可能導致肝腎損害，如薰衣草單方精油含有沉香醇、醋酸沉香醇，而醇類與酒精相同，大部分均需通過肝臟、腎臟進行代謝，長期大劑量使用可能會導致肝腎損害。