幽門螺桿菌感染是導致胃萎縮胃炎的主要病因，但是胃萎縮胃炎也可能是由十二指腸反流、胃黏膜損傷因子等原因所致，因此沒有幽門螺桿菌，但有胃萎縮胃炎也屬于正常情況。
1、十二指腸反流：通常是由于幽門括約肌功能出現障礙，導致膽汁、胰液和腸液大量反流進入胃內，繼而可造成胃黏膜損傷。長此以往，胃黏膜反復受到消化液的損傷，可出現腺體萎縮，從而引起胃萎縮胃炎；
2、胃黏膜損傷因子：日常生活中攝入的藥物、酒精和辛辣、刺激性的食物，都可能會對胃黏膜造成損傷，經過長時間損傷后，胃黏膜腺體可出現萎縮，繼而引起胃萎縮胃炎。
若出現沒有幽門螺桿菌，但有胃萎縮胃炎的情況，可以在醫生指導下通過抑酸護胃的藥物進行治療，可以使用質子泵抑制劑，如奧美拉唑腸溶片、泮托拉唑鈉腸溶片等，減少胃酸分泌，同時還可采用胃黏膜保護劑，如硫糖鋁混懸凝膠、鋁碳酸鎂咀嚼片等，保護胃黏膜，減少對胃黏膜的損害。