巴氏腺囊腫造口術一般不容易復發，但是也存在一定的復發概率。
從手術本身來看，巴氏腺囊腫造口術的目的是通過切開囊腫并引流膿液，同時保留腺體功能，以降低復發風險。然而，如果手術時造口選擇的位置不當，如位置較高或造口較小，術后可能會出現炎癥反復刺激，導致造口部位重新發生粘連閉合，從而使里面的黏液不能充分流出，炎癥持續存在，進而導致復發。
其次，患者的個人體質和術后護理情況也對復發率有重要影響。如果患者身體抵抗力較弱，術后恢復不佳，或者未能保持外陰清潔干燥，都可能增加復發的風險。并且巴氏腺囊腫的復發還可能與囊腫內是否存在活躍的腺體有關。即使手術切除了囊腫，如果囊腫內仍有活躍的腺體存在，術后分泌物排不出來，也有可能復發。