石菖蒲長期泡水喝不好。石菖蒲性味偏辛、苦、溫，長期泡水喝，可能會使陰虛的癥狀加重，使患者的病程延長。
石菖蒲臨床可用于治療中風導致的痰迷心竅、神志混亂、舌強不能語等癥狀，還可治療勞神過度、心神失養導致的失眠多夢，還能夠化濕、醒脾、開胃。本品辛、苦、燥溫，辛能傷氣耗血，溫能助火，長期泡水喝，可能會導致血虛、血熱、陰虛火旺，也有可能會出現實熱內盛，導致頭暈頭痛、口干舌燥、手足心熱等不適。部分男性應用時間過長，還有可能會出現陰虛火旺所導致的滑精。陰虛陽亢的患者用藥后，可能會出現兩顴紅赤、咳嗽、痰中帶血等癥狀。
石菖蒲泡水喝，對某些疾病具有一定的調理作用，應該由中醫醫師辨證后，再根據體質情況確定使用時間。不能盲目長期泡水喝，也不能擅自加大劑量，以免出現不良反應，或者引發其他疾病。