石菖蒲是一種常見的中藥材，雖然有藥用價值，但因其多種潛在風險，并不提倡長期泡水飲用，如果需要使用，應規范進行，避免處理不當而影響身體健康。
石菖蒲味辛、苦，性溫。其辛溫之性雖有化濕開胃、開竅豁痰等功效，但長期服用可能會導致體內溫熱之性過盛。人體正常的陰陽平衡和氣血運行可能會因長期受這種溫熱性質影響而失調，引發口干舌燥、咽喉腫痛等上火癥狀。
石菖蒲含有的揮發油等成分有鎮靜安神等作用，然而，長期使用可能會對神經系統產生過度影響。人體對藥物成分的耐受性可能會改變，有可能導致神經系統反應遲鈍，或者出現對藥物的依賴，影響正常的神經調節功能。
藥物進入人體后需要經過肝臟和腎臟的代謝和排泄，長期泡水飲用石菖蒲，其所含成分會持續作用于肝腎。肝臟的解毒功能和腎臟的排泄功能可能會因長期負擔加重而受到損害，影響這些重要臟器的正常生理功能。
不同個體對石菖蒲的反應不同，有些人可能本身對石菖蒲中的某些成分較為敏感，即使短期飲用也可能出現不良反應。而長期飲用時，這種個體差異帶來的風險會更顯著，可能導致過敏反應或其他難以預測的身體不適。
如果正在服用其他藥物，石菖蒲長期泡水喝可能會與之產生相互作用。可能影響其他藥物的療效，或者增加藥物不良反應的發生率，對患者的病情控制和身體健康造成不利影響。