石菖蒲通常有毒，患者應在中醫醫師的指導下用藥。
石菖蒲性溫、味辛，藥用價值通常不錯。石菖蒲能改善失眠健忘、耳鳴耳聾、消化不良、食欲不振、癲癇等癥狀，還能開胃化濕、醒神益智、開竅豁痰等。
石菖蒲吃多了會出現幻覺，會出現抽搐、抽搐等副作用，在外界環境的刺激下，還會加重病情。現代研究發現石菖蒲的揮發油、水煎劑等具有一定的毒性，可能會引起皮膚瘙癢、丘疹、皰疹、寒戰、抽搐、高熱等副作用。
石菖蒲一定要在醫生的指導下服用，但不能多用，否則會增加副作用。患者在用藥期間需要多喝溫水，注意休息，避免勞累，及時添衣保暖。