頭部核磁和CT有成像原理不同，檢查側重點不同、對身體的影響不同等區別，具體分析如下：
1.成像原理不同：頭部核磁能夠對頭部多種斷面的掃描，而CT則是放射性檢查，對頭部進行斷層掃描。頭部核磁組織分辨率要比CT高。
2.檢查側重點不同：CT對于診斷腦部出血性疾病，準確率比較高，而核磁對于腦梗死、腦部腫瘤性病變分辨率會比較高。
3.對身體的影響不同：CT利用放射線檢查，所以對人體會有一定損傷，具有一定的輻射作用。而頭部核磁利用的是外加磁場，對人體一般沒有副作用。
兩種檢查方式都是比較常見的，針對于不同的疾病，都可以起到不同的作用。