現代醫學上并不存在食物相克的說法，南瓜和蘋果是可以一起食用的。南瓜和蘋果都含有豐富的纖維素、維生素、糖分等營養物質，適量進食可以起到促進消化道蠕動、補充機體所需營養物質的作用。
但是如果南瓜和蘋果一起進食過多，可能會加重胃腸負擔，容易引起消化不良，導致腹脹、胃灼熱等，因此應注意食用量。由于南瓜和蘋果均含有一定的糖分，因此糖尿病的人群應避免大量食用南瓜和蘋果，以免升高血糖，不利于血糖的控制。如果對南瓜或蘋果過敏，也應該避免進食，以免出現過敏反應。
部分人群認為南瓜和蘋果一起食用可以起到降低膽固醇、治療高血壓、防止癌癥的作用，其實并沒有得到明確的證實。如果出現高血壓、高膽固醇等，需要及時就醫，無法依靠食療達到治療目的。