孕40天腰酸，小腹隱隱疼，流一點褐色分泌物，可能是激素影響、先兆流產、異位妊娠等因素引起的，建議及時的進行針對性治療。
1、激素影響：孕40天為懷孕初期，此時孕婦體內激素紊亂，可能會刺激子宮，導致子宮內少量毛細血管破裂，引起腰酸、小腹不適、陰道流出褐色分泌物的現象。一般在及時休息后可逐漸緩解。
2、先兆流產：先兆流產通常是胚胎、母體、父親和環境因素導致的，此時部分胎盤脫落可能會導致孕婦腰部酸脹、陰道流褐色分泌物。可遵醫囑使用地屈孕酮片、黃體酮膠囊等藥物進行保胎治療。
3、異位妊娠：異位妊娠的情況下，精子和卵子在子宮體腔以外的部位著床和發育，如果繼續長大，可能會引起輸卵管破裂，導致流血，并且還會伴隨腰酸、腹痛的現象。此時需要及時的終止妊娠。
此外，該情況也可能是貧血性心臟病、葡萄胎、胎盤早剝、心力衰竭等因素引起的，建議及時就診治療。