酵素是一種經食物發酵后制成的含較多酶的食品，單純且適量服用酵素，一般不會有明顯的副作用，少部分人可見腹痛、腹瀉等不良表現，但是一般不會出現吃了半年酵素腸子黑了的情況。除非所食用的酵素中含有其他不明物質，造成食用者出現腸子黑了的情況。
酵素在人體中的主要作用是促進食物消化，使其中的營養物質較好地被人體吸收。還可以幫助調整人體腸道菌群，促進胃腸蠕動，幫助減少便秘的發生。部分人群希望通過食用酵素促進排便，達到減肥、排毒、美容的目的，但是酵素的效果有限，無法達到上述作用，建議謹慎對待。此外，由于酵素本身氣味比較刺鼻，部分不良廠家為促進銷量，可能會添加多種不明成分的添加劑，長期服用可能會出現腸子黑了的情況。
引起腸子發黑的原因還有許多，如腸梗阻、結腸黑變病等，還可能與長期服用含色素的藥物有關。因此建議先停用酵素，同時可以適量多吃新鮮水果、蔬菜，多喝水促進排泄，腸子黑了的情況可逐漸緩解。但若長時間未恢復或伴有明顯不適癥狀，建議及時到醫院檢查，排除是否由其他疾病引起，明確病因后根據不同病因采取針對性治療，如腸梗阻患者需要積極采取胃腸減壓，必要時需要采取手術解除梗阻。對于結腸黑變病的患者，除上述日常護理外，還可遵醫囑服用枯草桿菌二聯活菌顆粒、地衣芽孢桿菌活菌膠囊等藥物，改善腸道微生態，促進機體恢復。