感冒時病毒或細菌會侵犯扁桃體，所以會導致扁桃體發炎，根據感冒的性質不同選擇不同的藥物治療扁桃體炎，具體如下：
1.病毒性感冒：若是病毒感染引起的感冒，病毒會侵犯扁桃體，導致咽部出現疼痛感，癥狀相對于細菌性感冒導致的扁桃體炎要輕，也不會出現較嚴重的全身癥狀。一般可使用抗病毒藥物進行治療，如利巴韋林顆粒、泛昔洛韋顆粒、蒲地藍消炎口服液等。
2.細菌性感冒：細菌性感冒導致的扁桃體炎，臨床上會出現咽部不適、有異物感、發干、癢、刺激性咳嗽等癥狀。建議患者首選青霉素或者頭孢類的藥物進行治療，青霉素類藥物包括阿莫西林、阿莫西林克拉維酸鉀、氨芐西林等；頭孢類藥物包括頭孢拉定、頭孢克洛、頭孢呋辛等。
患者平時要多喝水、多刷牙、多漱口，保持口腔的清潔衛生。若出現發燒的癥狀，可以使用解熱鎮痛類的藥物進行治療，如阿司匹林、布洛芬、雙氯芬酸鈉、對乙酰氨基酚等。