甲流一般是指甲型流感，感染甲型流感后頭疼一般是甲型流感病毒侵襲機體，釋放的毒素刺激腦部神經引起的。
甲型流感一般是甲型流感病毒感染所致的急性呼吸道傳染病。感染后患者主要表現為發熱、頭痛、肌痛和全身不適等。感染甲型流感病毒后，病毒會侵襲機體，釋放毒素刺激腦部神經，從而引起頭疼。患者頭疼較輕時，可以通過臥床休息、按摩等方式改善，患者頭痛癥狀較嚴重時，建議在醫生指導下使用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片等止痛藥物治療頭痛。
此外，患者需積極治療甲型流感，以免引起病情惡化和疾病擴散。患者其他臨床癥狀較輕、無合并癥、病情趨于自限時，無需積極進行抗病毒治療，主要針對病癥進行對癥治療即可。如果患者發病時就病情嚴重或發病后病情呈動態惡化，應積極進行抗病毒治療，在醫生指導下使用磷酸奧司他韋膠囊、帕拉米韋氯化鈉注射液等神經氨酸酶抑制劑藥物治療。
如果患者在病情痊愈后依然有頭疼的癥狀，建議及時就醫，在醫生指導下明確病因并對癥治療，以免延誤病情。