甲型流感的患者出現頭疼一般是正常的，多考慮是神經刺激，血管擴張引起的，注意休息可逐漸改善，必要時可遵醫囑使用藥物緩解。
甲型流感是由甲型流感病毒感染所致的一種急性呼吸道傳染病，能感染人類并引起一定范圍流行的主要有甲型H1N1流感病毒和甲型H3N2流感病毒。上述病毒侵入人體后，可導致發熱，而發熱時，身體內部會產生許多有害代謝產物，如乳酸、二氧化碳、鉀離子等，進一步刺激神經系統，引起神經痛覺反應，出現頭疼的現象，所以一般屬于甲型流感的正常反應。另外，發熱時交感神經興奮，體內分泌出大量的兒茶酚胺，該物質可作用于神經，導致血管擴張，從而引發頭疼。
出現頭疼的患者還可能伴隨發熱、咽痛、咳嗽、咳痰等不適癥狀，一段時間的休息后，部分患者可逐漸改善，患者也可以遵醫囑服用布洛芬片、對乙酰氨基酚片等藥物，抑制前列腺素的合成，緩解頭疼。治療期間多休息，保證充足的睡眠，保持室內空氣清新，多補充水分，加速新陳代謝，促進病情恢復。