三歲寶寶凌晨四五點咳嗽可能是生理性因素導致，也可能是過敏、急性上呼吸道感染等病理性因素引起，如果三歲寶寶還伴隨呼吸困難、高熱、紅疹、瘙癢等癥狀，建議及時前往醫院的小兒呼吸內科就診。
一、生理性因素：由于凌晨溫度降低，如果三歲寶寶睡眠環境溫度較低，咽喉部位受到冷空氣刺激時，則可出現咳嗽現象。建議及時根據天氣變化調整室內溫度，并給三歲寶寶加蓋被褥，從而緩解癥狀。
二、病理性因素：1、過敏反應：凌晨四五點時過敏原較活躍，若三歲寶寶對塵螨過敏，則可能會導致三歲寶寶出現咳嗽的情況。建議每隔半個月晾曬蓋被，保持室溫溫度，如果三歲寶寶出現呼吸困難、劇烈瘙癢、疼痛等癥狀，建議可以遵醫囑使用抗過敏的藥物，如氯雷他定糖漿、美芬那敏銨糖漿等藥物進行治療；
2、急性上呼吸道感染：若三歲寶寶近期抵抗力下降，可能會導致細菌和病毒入侵三歲寶寶的鼻咽部，引起寶寶出現急性上呼吸道感染，并可出現上述癥狀。同時可伴有鼻塞、流涕、發熱等癥狀，建議三歲寶寶應該注意休息，避免熬夜和受涼，同時可遵醫囑使用抗病毒口服液、鼻淵通竅顆粒、布洛芬混懸液等藥物進行治療；
3、其他：三歲寶寶凌晨四五點咳嗽，還提示三歲寶寶可能存在支氣管肺炎、變異性哮喘、胸膜炎等情況，建議通過體格檢查、血常規、B超等檢查，明確病因，對癥治療。如支氣管肺炎引起，則可遵醫囑使用小兒肺寧顆粒、阿莫西林克拉維酸鉀顆粒、羅紅霉素顆粒等藥物進行治療。