大蒜素不能殺死幽門螺桿菌，大蒜素雖然有較強的抑菌殺菌作用，對大腸桿菌、沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、痢疾桿菌等有害菌，有明顯抑制和殺滅作用，但大蒜素不能殺死幽門螺桿菌。所以生活中，一些關于吃大蒜可以治療幽門螺桿菌的傳聞，缺乏一定的科學依據，并且大蒜具有一定刺激性，長期食用還有可能刺激胃腸道黏膜，引起一些不適癥狀，臨床上并不推薦長期、大量食用。
臨床上大蒜素主要用于治療深部真菌和細菌感染，如肺部及消化道霉菌感染、急或慢性菌痢、腸炎、百日咳等。應用大蒜素對幽門螺桿菌相關性消化性潰瘍進行治療，如治療幽門螺桿菌相關性胃、十二指腸潰瘍有不錯的療效。但對于幽門螺桿菌感染，則需要使用聯合方案進行治療，即含有鉍劑的四聯方案，比如可以使用雷貝拉唑、克拉霉素聯合阿莫西林、枸櫞酸鉍鉀膠囊聯合進行治療。幽門螺桿菌感染一般能治愈，部分患者會出現反復感染的現象，再次感染后也需要再次進行正規的治療。