萆薢分清丸和二妙丸通常區別有兩者藥物的成分不同和功效不同。
1、成分不同：萆薢分清丸有多種草藥組合而成，有粉萆薢、石菖蒲、甘草和烏藥等。二妙丸成分有蒼術（炒）、黃柏，氣味微香，味道苦。
2、功效不同：萆薢分清丸主要治療腎氣不化，渾濁不清所引起的，尿液渾濁和小便次數頻繁等疾病。二妙丸有燥濕清熱的作用，可用于治療由于濕熱下注導致男女外陰騷癢、肛周瘙癢、濕疹和腳氣，還可以治療婦女白帶異常、泌尿系感染，盆腔炎等癥狀，也用于治療腸炎、肝炎、黃疸等疾病。