二妙丸和六君子丸同服的功效是祛濕和胃、開竅健胃等，建議患者合理用藥。
二妙丸是一種中成藥，由蒼術（炒）、黃柏（炒）組成，具有燥濕清熱的功效，可以用于濕熱下注、白帶、陰囊濕癢等病癥的治療。六君子丸也是一種中成藥，由黨參、白術（麩炒）、茯苓、半夏、陳皮等成分組成，具有補脾益氣、燥濕化痰的功效，可以用于治療脾胃虛弱、食量不多、氣虛痰多、腹脹便溏等病癥。上述兩種藥物沒有配伍禁忌，可以同服，具有祛濕和胃、開竅健胃、補脾益氣、燥濕化痰等功效，如果患者存在相關病癥，可以在醫生的指導下合理服用。
此外，患者用藥期間應該注意合理飲食，避免進食辣椒、大蒜、洋蔥等刺激性食物，以免影響藥物功效。