做電子肛門鏡一般不需要進行清腸，但患者需檢查之前將大便排干凈，若平時有便秘情況，建議使用開塞露來潤腸通便。保證肛門局部的清潔，從而使檢查中能有一個清晰的視野，來保證檢查順利進行。觀察的距離一般就是肛門和直腸之間5-10CM左右，通常電子肛門鏡可以檢查出痔瘡，肛瘺，肛裂，肛竇炎，息肉潰瘍，直腸息肉等癥狀。
患者做完電子肛門鏡后，若出現不適癥狀，應需前往醫院就診。同時也要注意肛門的清潔衛生。用溫水進行沖洗。飲食需保持清淡，多喝水。