石斛和石斛花的功效通常存在差異，石斛和石斛花的區別通常是部位不同、形態不同、成分含量不同、功效不同、保存方式不同等，患者應在中醫醫師的指導下用藥。
1、部位不同：石斛是蘭科石斛屬植物的莖，是植株的主體部分，通常為肉質狀。石斛花則是石斛植株所開放的花朵，是石斛的生殖器官。
2、形態不同：石斛一般呈圓柱形或扁圓柱形，表面為金黃色、綠黃色或者棕黃色，有縱紋。石斛花形態多樣，通常為總狀花序，花被片呈白色帶淡紫色先端，花瓣形狀有卵狀披針形等多種形狀，花朵比較嬌嫩。
3、成分含量不同：石斛含有石斛堿、石斛胺、石斛次堿等多種生物堿，還含有多糖等成分。石斛花雖然也含有部分和石斛相同的成分，但生物堿等成分的含量與石斛的莖相比有所差異，而且石斛花還含有一些在花朵中特有的揮發性成分。
4、功效不同：石斛主要功效為益胃生津、滋陰清熱，用于陰傷津虧、口干煩渴、食少干嘔、病后虛熱、目暗不明等。石斛花除了有一定的滋陰作用外，還側重于解郁，對于精神狀況有較好的調節作用，如緩解情緒抑郁、煩躁、胸悶等。
5、保存方式不同：石斛由于是莖，相對比較堅韌，在干燥、通風的環境下較易保存，可長時間儲存。石斛花比較脆弱，保存時需要更加注意避免擠壓、受潮，通常采用低溫、干燥的保存方法，且保存時間相對石斛莖較短。
患者在用藥期間需要多休息，注意飲食清淡，通常可以促進身體的恢復。